Da der Bedarf an sozialen Einrichtungen für Waisenkinder in ganz Uganda groß ist, nicht zuletzt auch aufgrund der grassierenden Aidsepidemie, wurde im Herbst 2002 der Grundstein für den Bau eines weiteren SOS-Kinderdorfes in Uganda gelegt. Es wurde in der Stadt Entebbe errichtet und konnte im Januar 2003 in Anwesenheit des Präsidenten von Uganda, Herrn Yoweri Museveni, und Helmut Kutin, Präsident von SOS-Kinderdorf International, eröffnet werden.
Die Idee der Errichtung eines zweiten SOS-Kinderdorfes in Uganda tauchte schon bald nach Fertigstellung des ersten auf. Aufgrund der gut ausgebauten Infrastruktur fiel die Wahl des Standorts auf Entebbe, ehemals Hauptstadt, heute zweitgrößte Stadt des Landes. Entebbe hat etwa 90.000 Einwohner und liegt etwa 35 km von der heutigen Hauptstadt Kampala entfernt auf einer Halbinsel im Victoriasee. Die Halbinsel ist nur mit einem wenige hundert Meter breiten Landstreifen mit dem Verwaltungsbezirk Mpigi verbunden. Entebbe beherbergt den internationalen Flughafen Ugandas, der 1976 durch eine Geiselbefreiungsoperation der israelischen Armee in die internationalen Schlagzeilen kam. Entebbe, als Standort des zweiten SOS-Kinderdorfes in Uganda, gewährleistet nicht nur die Möglichkeit effizienter Hilfe im Hinblick auf die Ausbildung und spätere Arbeitssuche der Jugendlichen sondern ermöglicht auch die notwendige Errichtung eines SOS-Koordinationsbüros für Uganda. Das SOS-Kinderdorf erreicht man vom Entebbe International Airport über die Schnellstraße nach Kampala nach ca. 9 km. Die Einfahrt zum SOS-Kinderdorf Entebbe liegt unmittelbar rechts neben der Schnellstraße, gleich neben dem Geschäftsviertel Abayita Ababiri.
Das SOS-Kinderdorf Entebbe besteht aus zwölf Familienhäusern, Dorfleiterhaus, SOS-Tantenhaus (SOS-Tanten übernehmen im Bedarfsfalle die Funktion der SOS-Mütter), Mehrzweckhalle mit Bibliothek, SOS-Kindergarten und Verwaltungs- und Servicebereich. Das SOS-Kinderdorf Entebbe bietet Platz für ca. 120 Kinder.
Der dem SOS-Kinderdorf Entebbe angeschlossene SOS-Kindergarten wurde 2003 in Betrieb genommen. Er besteht aus drei Gruppenräumen, einer Montessori Klasse, einer Küche, einem Spielplatz und mehreren Nebenräumen. Zurzeit wird der SOS-Kindergarten von 100 Kindern aus dem SOS-Kinderdorf und seiner Umgebung besucht.